По первой позиции: Болты, по опыту, не протягиваются (хотя на старых моделях был такой "грешок " - тянулись моментом. На современных не видел. То, что не было стружки в редукторе - плохо, она там должна появиться после обкатки априори ,ГП катается , зубья должны притираться друг к другу....Скорее всего плохое масло, залитое на заводе, это подтверждается и твоими словами, что цвет не поменялся, он должен меняться , хорошее масло хорошо выносит из пятна контакта фрагменты притирки и окрашивается этими фрагментами , цвет должен быть очень тёмным или даже ближе к чёрному. И вообще, изменение цвета масла при работе ДВС - показатель хорошего масла ...но это касается только в период обкатки......
По второй позиции: Когда проверяешь зазор между электродами свечи на глаз (как ты написал -"показался" устанапливать нельзя. Это не мотоцикл Минск и не мопед, тут совершенно другая система зажигания, поэтому к этому параметру (зазор) отношение должно быть жёсткое и устанавливать его необходимо инструментально......
По третьей позиции: Что то мне подсказывает (симптомы) что кроме нижнего сальника имеет место быть очень серьёзный тепловой прихват. Наличие воды в цилиндре - плохой симптом. Хорошо если сальник, но мне этот вариант не нравиться. Мотор пускается. А вот трещина в блоке - очень даже может быть....Надо вскрывать мотор. Иначе истины не увидишь. Если есть желание, то при вскрытии снимай весь процесс (не видио , а фото) и выкладывай тут. Мы подскажем где сфотографировать поточнее.