Ответ зависит от типа БМС. Коротко, если нет времени вникать в тему, то лучше провода выдерживать одинаковой длины.
Более развернуто - когда по балансировочным проводам течет ток, то на них падает напряжение, по величине пропорциональное току и длине проводов. Если БМС замеряет напряжение в то же самое время, что и балансирует, то замер будет отличаться от реального напряжения на величину падения напряжения на каждом проводе, т.е. появится ошибка измерения. Если ошибка небольшая и одинаковая для всех ячеек, то это нестрашно. Если же провода разной длины, то ошибка будет отличаться от ячейки к ячейке, соответственно балансировка будет происходить некорректно.
Немало БМС (смарт в основном) отключают балансировку на момент измерения напряжения, в этом случае длина проводов не имеет значения, так как ток по проводам течь не будет. Также у многих БМС токи балансировки маленькие, поэтому падение напряжения настолько мало, что им можно пренебречь, в этом случае опять же длина проводов не будет играть большой роли. И наконец есть БМС, которые сами могут определить сопротивление балансировочных проводов, либо дать пользователю их ввести вручную. В этом случае тоже провода могут быть разной длины.