В общем, всё просто:
1. Сделал квадрат 4 км, загрузил все файлы, всё в квадрат уместил.
2. Нажал Find Depth Range, записал диапазон глубин.
3. Сделал квадрат 750 метров, перезапустил DD, снова открыл все файлы.
4. Уместил в квадрат часть общей картины, поставил вручную диапазон глубин, записанный ранее.
5. Посчитал карту, сконвертировал видимый в квадрате кусок в PNG с максимальным разрешением + KML.
6. Подвинул квадрат (точность не нужна) на следующий участок. То, что картинки будут накладываться с точки зрения KML - пофиг.
7. Посчитал карту следующего участка и сконвертировал видимый в квадрате кусок в PNG с максимальным разрешением + KML.
8. Открыл первый KML файл, в нём написано:
<GroundOverlay>
<name>DrDepth map - mapimage01</name>
<color>ffffffff</color>
<Icon>
<href>mapimage01.png</href>
<viewBoundScale>0.75</viewBoundScale>
</Icon>
<LatLonBox>
<north>55.87227709</north>
<south>55.87047817</south>
<east>35.00530823</east>
<west>34.99745250</west>
</LatLonBox>
</GroundOverlay>
9. Открыл второй KML файл, в нём написано:
<GroundOverlay>
<name>DrDepth map - mapimage02</name>
<color>ffffffff</color>
<Icon>
<href>mapimage02.png</href>
<viewBoundScale>0.75</viewBoundScale>
</Icon>
<LatLonBox>
<north>55.87395009</north>
<south>55.87084695</south>
<east>35.01295620</east>
<west>35.00477948</west>
</LatLonBox>
</GroundOverlay>
10. Скопировал из второго файла этот кусок в первый и обрамил их оба снаружи тегом <Folder> ... </Folder>
11. Вычистил у картинок белый фон.
12. Запихал в KMZ только первый KML и обе картинки...
Получилось!
Результирующий KML выглядит так:
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<kml xmlns="http://earth.google.com/kml/2.2">
<Folder>
<GroundOverlay>
<name>DrDepth map - mapimage01</name>
<color>ffffffff</color>
<Icon>
<href>mapimage01.png</href>
<viewBoundScale>0.75</viewBoundScale>
</Icon>
<LatLonBox>
<north>55.87227709</north>
<south>55.87047817</south>
<east>35.00530823</east>
<west>34.99745250</west>
</LatLonBox>
</GroundOverlay>
<GroundOverlay>
<name>DrDepth map - mapimage02</name>
<color>ffffffff</color>
<Icon>
<href>mapimage02.png</href>
<viewBoundScale>0.75</viewBoundScale>
</Icon>
<LatLonBox>
<north>55.87395009</north>
<south>55.87084695</south>
<east>35.01295620</east>
<west>35.00477948</west>
</LatLonBox>
</GroundOverlay>
</Folder>
</kml>