Сейчас все просто делается. Я так понял что лодка у вас подлежит регистрации. Согласно п.16 приказа 454 ФСБ, постановка на учет носит уведомительный характер. Распечатываете приложение 4 к приказу 454, заполняете, и отправляете пограничникам по почте (лучше заказным с описью) в Краснодар, они вам в ответ пришлют бумажку о том что лодка стоит на учете. Если не пришлют то нужно им позвонить и уточнить поставили на учет или нет. Адрес есть на сайте ФСБ.
Постановка на учет указанных судов (средств) осуществляется собственниками судов (средств), подлежащих учету (в том числе при смене собственников), до начала их эксплуатации посредством уведомления (рекомендуемый образец приведен в приложении N 4 к настоящим Правилам) по почте, факсимильной связи, электронной почте (при наличии), либо путем личного обращения в пограничный орган или подразделение пограничного органа по месту использования судов (средств), подлежащих учету.
В случае непоступления от пограничного органа или подразделения пограничного органа подтверждения в получении уведомления собственник судна (средства), подлежащего учету и используемого на участках (в районах) внутренних морских вод Российской Федерации, в пределах которых установлен пограничный режим, в территориальном море Российской Федерации и российской части Каспийского и Азовского морей, проверяет по телефонной связи получение пограничным органом или подразделением пограничного органа указанного уведомления.
http://base.garant.ru/71759826/53f89421bbdaf741eb2d1ecc4ddb4c33/#block_1000