Попробуйте Унику супер или качественный яхтенный лак, но дело это очень мало-полезное. От воды фанера всеравно будет разбухать. Как вариант, когда мучения с фанерой вам надоест, то попробуйте сделать дно из ОСП, у него влагопоглощение намного меньше чем у фанеры.
А еще вариант, сошлифовать кромку, вставляемую в стрингер и надеть на нее алюминиевый U образный профиль.
Это все уместно если Вы много времени будете на воде, а если 3-4 раза за сезон, я бы и нестал ничего делать, просто хорошо сушилбы пайолы после рыбалки.