На мой профессиональный взгляд (стаж крючкотвора - 23 года) юридическая логика позиции ВС РФ вполне выдержана:
1. Граждане вправе осуществлять любительское рыболовство везде, кроме ограничений, установленных ст.26 Закона "О рыболовстве".
2. Перечень ограничений открыт и, в частности, отсылает к ограничениям, установленным и другими федеральными законами (п.13 ч.1 ст.26)
3. Заключение договора пользования водным участком (ст.9 Закона "Об аквакультуре") предусматривает передачу водного объекта определенному лицу, что автоматически исключает такой участок из общедоступного (ограничивает право его пользования для неопределенного круга лиц).
От себя могу дополнить, что существенные условия договора пользования (п.2 ст.9 Закона "Об аквакультуре") рыбоводным участком не предусматривают никаких обязательств пользователя перед третьими лицами (читай - нами, рыбаками) по предоставлению им открытого доступа на участок.
Что касается споров типа: собственность круче пользования - это только от незнания. Право пользования охраняется российским законодательством в той же мере, что и право собственности (хотя тождественными не являются). Скажу больше: лицо, правомерно пользующееся объектом права (например, рыбоводным участком) имеет право на защиту даже от неправомерных действий собственника, препятствующих пользованию. О несправедливости запрета на ловлю "незапущенной" щуки скажу так: раз закон этот фактор не упоминает как значимый - рассуждения лишены смысла. На то он и закон.
п.с. скажу сразу - спорить по приведенной позиции буду только с юристами